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通常情况下，大蒜底部发霉发芽了不能吃，可能会引起食物中毒。具体分析如下：
百合科葱属植物蒜的鳞茎，通常在温度适宜的情况下会逐渐的发芽，随后长出叶子，如果是正常种植，发芽生长之后可以正常食用，而且口感也比较好；但是大蒜存放不当可能会导致发霉，大蒜表面发霉后可能会携带大量霉菌菌丝，毒素不仅存在于发霉的位置，还会扩散到整颗大蒜，所以大蒜底部发霉发芽了不能吃，可能会引起食物中毒，出现急性腹泻、腹痛等症状，不利于身体健康。
如果不小心吃了底部发霉发芽的大蒜出现不良症状，建议患者第一时间前往医院就诊治疗。