一觉醒来斜方肌酸痛可能是乳酸堆积、着凉等非疾病因素引起的，也可能是颈型颈椎病、肩周炎等疾病因素引起的。
一、非疾病因素
1、乳酸堆积：刚开始练斜方肌的人，可能在做完杠铃推举、俯卧撑、引体向上等运动后，由于乳酸堆积在斜方肌处，刺激痛觉神经，进而在一觉醒来后感觉斜方肌酸痛。这属于正常现象，建议通过伸展运动、按摩、热敷等方式来缓解不适。
2、着凉：睡觉时如果一直开着电扇、空调等，受凉后，由于斜方肌处血管收缩以及肌肉痉挛，可能会感觉酸痛。建议平时不要长时间地对着人吹空调、风扇，注意保暖。
二、疾病因素
1、颈型颈椎病：颈型颈椎病是由于颈椎曲度改变引起的颈椎病，患者的颈部、肩部、背部等部位常会感觉疼痛、酸胀等，常在晨起、劳累、姿势不正等情况后突然加剧。颈型颈椎病患者一觉醒来后，可能因为病发，不仅感觉斜方肌酸痛，还可能会出现肌肉发紧、发僵、头晕等情况。患者可以在医生的指导下使用塞来昔布胶囊、双氯芬酸钠缓释片、布洛美洛昔康胶囊等药物来缓解疼痛。
2、肩周炎：肩周炎是以肩关节主动活动和被动活动均受限为特征的一种疾病，一般会出现肩部疼痛、肩部僵硬等情况，患者如果患上了肩周炎，可能会出现一觉醒来斜方肌酸痛的情况，随着病情的进展，患者还可能会出现肩部僵硬、肩部活动度下降等症状。患者可以按照医嘱使用布洛芬缓释胶囊、对乙酰氨基酚片、双氯芬酸钠缓释片等药物进行治疗。
日常生活中，患者应避免做剧烈运动，可以通过针灸、推拿、艾灸等方式促进局部血液循环，进而起到辅助治疗的作用。
