银耳若长时间浸泡，易滋生细菌导致变质，可能产生有害物质，食用后可能导致身体不适甚至中毒。此外，营养流失也会比较严重，因此通常不推荐食用长时间泡发的银耳。
若银耳浸泡时间过长，可能导致米酵菌酸的形成。米酵菌酸是一种生物毒素，摄入后可能引发胃肠道症状，如腹胀、腹痛和恶心呕吐。严重者甚至会发展为昏迷、休克，对生命构成严重威胁。务必注意银耳的正确处理方法，米酵菌酸对肝脏具有潜在危害，且其耐高温特性使得即使经过烹饪，仍可能对身体健康构成威胁。有研究者指出，长时间浸泡的银耳可能产生微量亚硝酸盐，过量摄入可能对健康构成潜在风险。所以，推荐将银耳用温水浸泡约2小时，避免过长时间浸泡。在烹饪前，务必用清水或淀粉水充分漂洗已浸泡过的银耳，以移除可能残存的细菌，避免因食用而引发的感染风险。
银耳建议现泡现煮，尽快吃完，避免隔夜，以防硝酸盐转化为可能有害健康的亚硝酸盐。若已经食用久泡、过夜银耳出现恶心呕吐、腹胀腹泻等不适反应，应立即就医。
