适量食用葛根粉通常不会有明显副作用，但长期过量食用可能会有副作用，患者应在中医医师的指导下用药。
葛根粉性凉，长期过量食用可能会损伤脾胃阳气，导致脾胃虚寒，出现腹痛、腹泻、消化不良等症状。葛根粉中含有一定量的植物雌激素，如果长期大量食用，可能会导致体内雌激素水平过高，从而影响内分泌平衡，尤其对于本身激素水平不稳定的人群，可能会引发月经紊乱、乳腺增生症等问题。
而且，每个人的体质不同，对葛根粉的耐受性也有所差异。部分人可能会对葛根粉中的某些成分过敏，长期食用可能会加重过敏反应。
如果本身脾胃虚寒或者有雌激素相关疾病，患者应谨慎食用。食用过程中，如果出现身体不适，如过敏、胃肠道不适等，应立即停止食用葛根粉，并及时就医。
