长期吃日本酵素对身体有害，适当吃日本酵素对身体有益，但过度或者长期吃就会导致人体免疫力下降、肝脏的代谢能力下降、女性生育能力减弱降低等。具体影响如下：
1.导致人体免疫力下降：日本酵素中蛋白质含量低，微量元素不高，长期吃会造成电解质紊乱、蛋白质缺乏，人体肠道失去自我律动能力、蠕动能力差、消化不良等，最终导致胃肠道内的有益菌减少、身体营养不足、抵抗力下降等。
2.导致肝脏的代谢能力下降：日本酵素可以促进胃肠道肌肉的蠕动，以此排泄出多余的代谢废物，减轻毒素对人体造成的影响，长期吃日本酵素，反而会导致肝脏、肾脏代谢能力减弱，肾小球滤过率降低，各种毒素不但不能排泄出去，反而堆积在体内造成各种疾病。
3.导致女性生育能力减弱：有些女性会选择吃日本酵素进行排毒，适当进食可以维持内分泌平衡，起到美容养颜的效果，长期食用后，很可能出现生育时因为体质太弱、营养不良、贫血而使得胚胎失去活力的情况。
