一般情况下，怀孕三个多月肚子两侧疼可能是激素水平变化、子宫增大牵拉、胆囊炎等原因导致的。具体分析如下：
1.激素水平变化：怀孕三个多月肚子两侧疼，可能是体内激素水平变化导致的。因为怀孕后体内分泌的雌激素和孕激素的水平会升高，抑制肌肉收缩，影响到胃肠道消化功能，便可能出现胀气、肠痉挛、小腹轻微疼痛等症状，属于正常的生理表现，建议孕妇平时注意多休息，保持心情平和。
2.子宫增大牵拉：怀孕后盆腔组织充血，随着胎儿在子宫的逐渐发育，子宫逐渐增大会引起盆腔周围组织牵拉，进而可能导致怀孕三个多月肚子两侧疼，一般也是属于正常现象。建议孕妇怀孕期间要注意多休息，谨遵医嘱定期做好产检，放松心情，注重饮食多元化，加强营养。
3.胆囊炎：若孕妇因不良的饮食习惯引发胆囊炎，便可能出现右上腹疼痛、恶心、呕吐等症状，因为胆囊炎的疼痛症状容易呈放射性，所以怀孕三个多月肚子两侧疼也可能是胆囊炎导致的，孕妇可在医生指导下使用头孢克洛缓释片、头孢克肟颗粒、阿莫西林胶囊等药物进行治疗。
