吃褪黑素第二天头疼可能是不合理作息、用药不当、药物过敏或是其他病症引起的，可以通过日常护理、药物治疗的方式进行处理。
1、不合理作息：如果患者吃褪黑素之后，没有合理休息，则可能会导致机体劳累，进而可能会对脑神经造成刺激，出现头疼症状。建议患者注意合理作息，避免熬夜。
2、用药不当：褪黑素可用于缓解时差综合征和其他睡眠延迟造成的疾病，如果患者不合理用药，如过量服用，则可能会对机体造成刺激，出现第二天头疼、腹痛等不适症状。患者应该按医嘱合理用药，避免自行更改药物剂量。
3、药物过敏：如果患者对褪黑素的成分过敏，则可能会诱发过敏现象，第二天可能会出现头疼、皮疹、腹痛等不适症状。建议患者按医嘱服用盐酸西替利嗪片、盐酸苯海拉明片等抗过敏药物进行治疗。
4、其他病症：患者出现头疼症状，也可能与褪黑素无关，可能是感冒、神经衰弱、焦虑症、抑郁症、脑出血、脑炎等疾病引起的。
建议患者及时就医，通过血常规、超声检查、过敏原检测等方式了解病症，然后合理处理。同时应该注意合理饮食，避免进食辣椒、大蒜等刺激性较强的食物，以免影响病症恢复。
