16岁月经两三个月没来可能与卵巢功能的不完善、内分泌失调、贫血、多囊卵巢综合征、高催乳素血症等因素有关，建议及时就诊，明确情况后遵医嘱进行干预。
1、卵巢功能的不完善：16岁的女孩的卵巢功能可能还未完全成熟，因此无法产生正常水平的雌激素，也无法保持子宫内膜的周期性脱落，可能导致月经不规律。这通常是正常的，随着身体发育，月经通常会逐渐产生规律，一般不用特别处理。
2、内分泌失调：主要是由于生活的不规律和巨大的精神压力等原因导致的，由于体内激素水平的紊乱，可能引起月经不规律。为了改善该状况，可以调整生活方式、放松心情。
3、贫血：主要是由于红细胞被过度破坏或其生成不足所导致的，通常会使人体的外周血中红细胞的数量减少，无法为各种组织和器官提供充足的氧气，可能干扰雌激素的正常分泌，导致月经不规律。在医生的建议和指导下，可以使用硫酸亚铁片、琥珀酸亚铁片和叶酸片等药物进行治疗，有助于刺激红细胞的生成。
4、多囊卵巢综合征：可能是由遗传和环境因素共同作用导致的，会干扰卵巢的正常功能，导致身体无法产生正常水平的雌激素、孕激素，出现月经异常、痤疮等症状，需要按照医生的建议使用黄体酮胶囊、戊酸雌二醇片、尼尔雌醇片等药物进行治疗。
5、高催乳素血症：可能是由于下丘脑问题、垂体问题、原发性甲状腺功能下降等因素导致的血清催乳素水平异常升高，可能影响生殖、内分泌和神经系统，临床表现通常包括月经不规律、头痛、肥胖等。在医生的指导下，可以使用甲磺酸溴隐亭片和维生素B6片等多种药物进行治疗。
在干预过程中，切忌盲目采用偏方，以免对身体产生明显的负面影响。
