人体分泌褪黑素的器官通常是大脑。
褪黑素一般产生于大脑第三脑室顶的松果体。松果体通常可以昼夜节律性的分泌褪黑素，夜幕降临时可分泌大量的褪黑素，进而影响人体的睡眠质量。大脑中的松果体还可以分泌多种具有很强的抗促性腺激素作用的肽类激素，如果松果体受到破坏，可能会出现生殖器官过度发育的情况。此外，松果体如果出现了萎缩或者钙化的情况，由于人体内的褪黑素的分泌量减少，常会影响人的睡眠。
夜间睡眠是褪黑素分泌高峰期，建议保持一个良好的作息时间，避免熬夜，以免因为分泌的褪黑素减少，进而导致入睡困难、睡眠质量差、早醒等。
