如果只是轻度的、短时间的肝功能异常，在查明病因后治疗，通常可以有效改善肝功能；如果是慢性、长期的疾病导致肝脏不可逆地损伤，肝功能通常难以完全恢复到正常水平。肝功能是否能恢复到正常水平，这跟所患疾病的种类、病情缓急、身体状况都有关系。
短时间大量饮酒造成的肝功能异常，通过戒酒、护肝治疗，通常两周到一个月左右肝功能可恢复正常；病毒性肝炎如乙型病毒性肝炎、丙型病毒性肝炎等，恢复正常则需要严格进行的抗病毒治疗，恢复时间也会比较久，一个月到两个月不等；对于肝癌患者，肝功能通常难以完全恢复到正常水平。
肝功能异常能够恢复的最大水平是因人而异的，即使是同一种疾病，不同的人治疗后反应会大有不同，因此肝功能异常的恢复也不能一概而论。
患者在患病期间，定期检查肝功能是有重要意义的，有助于判断肝功能的情况和肝脏损伤程度，尤其是肝病的急性期或恶化期，能够评估肝细胞损伤的程度，预测药物疗效，指导临床用药。
