通常情况下，两个月宝宝睡觉摇头晃脑、手脚乱动可能是缺钙、维生素D缺乏性佝偻病等原因导致的，不同原因可采取不同的治疗方式。具体情况分析如下：
1.缺钙：缺钙时，一般会出现烦躁、夜啼、摇头晃脑、夜间多汗、手脚乱动等症状，所以两个月宝宝睡觉摇头晃脑、手脚乱动可能是缺钙导致的。如果两个月宝宝缺钙，家长可以在医生的指导下给两个月宝宝服用药物来补充钙质，比如葡萄糖酸钙锌口服溶液、乳酸钙口服液等，还可以适当的在早晨或傍晚带宝宝晒太阳。
2.维生素D缺乏性佝偻病：维生素D缺乏性佝偻病是指宝宝体内缺乏维生素D，致使钙磷代谢失常的慢性营养缺乏性疾病，一般有多汗、夜啼、摇头、烦躁、睡眠不安、手脚乱动等临床症状，所以两个月宝宝睡觉摇头晃脑、手脚乱动可能是维生素D缺乏性佝偻病导致的。建议家长在医生的指导下给两个月宝宝服用药物进行治疗，比如维生素AD滴剂、维生素D滴剂等。
