一般情况下，三个月的宝宝晚上睡觉总是摇头可能是生理性因素导致的，也可能是佝偻病、湿疹等病理性因素导致的，需要根据病因，对症治疗。具体内容如下：
一、生理性因素
如果晚上睡觉时，室内的温度过高，可能会造成头部出汗，容易影响三个月的宝宝睡眠质量，从而引起三个月的宝宝晚上睡觉总是摇头。这是一种生理现象，一般无需特殊治疗，家长需要对室内温度进行调节。
二、病理性因素
1.佝偻病：三个月的宝宝在成长过程中，没有及时补充维生素D，可能会造成体内缺乏维生素D，容易导致身体发育不良，从而引起佝偻病，出现晚上睡觉总是摇头的症状。家长应该遵医嘱给三个月的宝宝使用维生素D滴剂、维生素AD滴剂等药物进行治疗；平时注意多晒太阳。
2.湿疹：如果天气比较热，没有做好三个月的宝宝头部的护理工作，容易引起湿疹，导致头部瘙痒，从而造成三个月的宝宝晚上睡觉总是摇头。家长应该遵医嘱给三个月的宝宝使用炉甘石洗剂、氧化锌油等药物进行治疗；在日常生活中，还应该勤洗头、及时擦拭汗液等。
