食指指甲盖有小凹坑可能是甲营养不良、甲癣、甲沟炎等原因导致的，不同原因可采取不同的治疗方式。
1.甲营养不良：甲营养不良是甲板形成过程中出现异常导致的一种疾病。患者可能会出现甲脱落、甲板裂开、指甲变白等情况。患者可以按照医嘱使用重组人表皮生长因子凝胶(酵母)、他克莫司软膏、氟康唑胶囊等药物进行治疗。
2.甲癣：甲癣是皮肤癣菌侵犯甲板及甲下所引起的甲病变，患者通常会出现甲板浑浊、增厚、表面粗糙不平等症状。患者可以按照医嘱使用盐酸阿莫罗芬搽剂、环吡酮胺乳膏、盐酸特比萘芬片等药物进行治疗。
3.甲沟炎：甲沟炎是一种常见的甲周组织感染。患者的甲周组织通常会出现红肿、热痛等症状，患者的指甲还可能会变形，比如隆起、沟槽、褪色、缺损等。患者可以按照医嘱使用醋酸氯己定溶液、鱼石脂软膏、复方磺胺甲噁唑片等药物进行治疗。
这种情况还不排除是银屑病甲引起的，患者需要到医院明确病情后，再对症治疗。
