大拇指指甲盖有小凹坑可能是甲营养不良、甲癣、扁平苔藓、斑秃累及指甲、银屑病甲损害等原因导致的，患者需要及时到医院就诊，并且配合医生对症治疗。
1、甲营养不良：由于营养缺乏等因素引起甲营养不良，大拇指指甲盖可能出现小凹坑。患者可以按照医嘱使用重组人表皮生长因子凝胶(酵母)、尿素乳膏等药物进行治疗，通常可以起到软化甲板、缩短愈合的时间等作用。
2、甲癣：真菌感染指甲引起甲癣，可能导致大拇指指甲盖有小凹坑、变色等情况。患者要注意个人卫生，可以按照医嘱使用盐酸阿莫罗芬搽剂、环吡酮胺乳膏等药物进行治疗，通常可以起到抗真菌的作用。
3、扁平苔藓：累及指甲的扁平苔藓可能使大拇指指甲盖出现小凹坑，还可能有指甲变薄等情况。患者应避免搔抓指甲，可以按照医嘱使用他克莫司软膏、维A酸乳膏等药物进行治疗，一般可以起到调节免疫、改善皮肤角化的作用。
4、斑秃累及指甲：斑秃患者部分指甲可能出现小凹坑。患者要积极治疗斑秃，可以按照医嘱使用钙泊三醇倍他米松软膏、卡泊三醇软膏等药物在指甲处，一般可以起到促进毛发生长、改善指甲状况的作用。
5、银屑病甲损害：银屑病累及指甲时可出现小凹坑等损害。患者应避免指甲受伤，可以按照医嘱使用地蒽酚软膏、他卡西醇软膏等药物进行治疗，一般可以起到改善银屑病症状、减轻指甲损害的作用。
患者需要注意保持手部清洁，避免指甲受到外力损伤，适当补充营养。
