女性早上起来小便颜色呈咖啡色可能是正常现象，也可能是阴道炎、肾结石等原因导致的，建议女性对症治疗。具体分析如下：
1.正常现象：尿液在膀胱内蓄积一整晚后，可能会因过度浓缩而导致尿液变成咖啡色，而在这种情况下，女性早上起来小便颜色呈咖啡色一般是正常现象，通常不需要进行特殊的治疗，建议女性注意多喝水。
2.阴道炎：阴道炎是发生于阴道的炎症，主要症状有血尿、尿痛、阴道分泌物呈脓血性等，而血尿可能会导致女性早上起来小便颜色呈咖啡色，建议女性按医嘱使用制霉菌素片、甲硝唑氯己定洗剂、硝酸咪康唑阴道软胶囊等药物进行治疗。
3.肾结石：肾结石为泌尿系统的常见病、多发病，可能会出现肾区疼痛、尿急、尿痛、血尿等症状，而血尿可能会导致尿液变色，所以女性早上起来小便颜色呈咖啡色可能与肾结石有关，女性可以按医嘱使用肾石通颗粒、排石颗粒、枸橼酸氢钾钠颗粒等药物进行治疗，也可以通过体外冲击波碎石术、经皮肾镜取石术等手术进行治疗。
