怀孕三个月出现咖啡色分泌物，可能和先兆流产、异位妊娠、细菌性阴道病、宫颈炎及胚胎停育等引起，建议患者及时到医院进行治疗。
1、先兆流产：由于胚胎发育不良、母体黄体功能不全或受到外力撞击等因素，可能导致先兆流产，表现为阴道少量出血，呈咖啡色。处理上，需及时就医，抽血检查孕酮、hCG水平，并在医生指导下服用黄体酮胶囊、地屈孕酮片等药物进行保胎治疗。
2、异位妊娠：若受精卵在子宫以外的地方着床，如输卵管，随着胚胎的生长，可能刺激该处黏膜引发出血，表现为咖啡色分泌物。需通过B超检查确诊，确诊后选择手术治疗。
3、细菌性阴道病：孕期阴道受细菌感染，引发炎症，可导致分泌物异常，出现咖啡色。治疗时，应注意阴道及外阴卫生，若症状加重，可在医生指导下使用硝呋太尔制霉菌素阴道软膏、克霉唑阴道片等药物局部治疗。
4、宫颈炎：宫颈炎可能由病原体感染引起，孕期宫颈炎可能导致阴道少量出血，与分泌物混合后呈现咖啡色。治疗需在医生指导下进行，可口服阿奇霉素胶囊、红霉素肠溶片、多西环素等药物。
5、胚胎停育：胚胎停止发育后，可能引发阴道出血，与分泌物混合形成咖啡色。需通过B超检查确诊，确诊后根据医生建议进行催产处理。
怀孕三个月出现咖啡色分泌物属于异常现象，孕妇应高度重视，及时就医检查，明确病因后遵医嘱治疗。
