核磁共振成像一般能检查出存在器质性病变的肠道疾病，但是对于非器质性病变的肠道疾病，可能无法查出。
核磁共振成像据所释放的能量在物质内部不同结构环境中不同的衰减，通过外加梯度磁场检测所发射出的电磁波，即可得知构成这一物体原子核的位置和种类，据此可以绘制成物体内部的结构图像，能够对脑部、甲状腺、肝、胆、脾、肾、胰、子宫、卵巢、前列腺等实质器官进行诊断。如果肠道存在异常，能够有助于明确肠道是否存在息肉、肿瘤等异常病灶，从而辅助诊断肠息肉、大肠癌、结肠癌等疾病，但是对于非器质性病变的肠道疾病，包括肠道菌群失调症、慢性肠炎等疾病，通过核磁共振成像通常难以诊断。
