甲流一般指甲型流感，咳嗽头疼不一定是甲型流感，也可能是上呼吸道感染、过敏、支气管炎等引起。
1.上呼吸道感染：如果患者近期过度劳累或受凉，导致身体抵抗力和免疫力下降，可能会受到病毒、细菌等病原体的侵袭，诱发上呼吸道感染。病原体侵袭呼吸道黏膜，引发黏膜充血水肿，导致产生咽喉不适，从而引发咳嗽。同时，该病常伴随流鼻涕和鼻塞等呼吸道症状，这些症状可能导致额部或颞部压力增加，从而导致头疼。患者可以在医生指导下使用布洛芬缓释胶囊、氢溴酸右美沙芬糖浆等药物镇痛止咳。
2.过敏：如果患者接触了花粉、灰尘等过敏原或食入了鱼、虾等易过敏的食物，可能会刺激免疫系统，引起免疫系统过度应答，释放组胺，从而引起过敏反应，出现咳嗽、头疼、红斑等过敏症状。患者可以在医生指导下使用氯雷他定片、盐酸西替利嗪片等药物抑制组胺释放，缓解过敏反应。
3.支气管炎：如果患者受到病原体侵袭，引起支气管炎，炎症因子刺激支气管黏膜，通常会引发咳嗽。此外，支气管黏膜受刺激后，可能会发生支气管痉挛，引起呼吸不畅，导致身体缺氧，大脑供氧不足，可能会继发头疼。患者可以在医生指导下使用枸橼酸喷托维林片、氢溴酸右美沙芬片等药物抑制咳嗽，改善症状。
4.甲型流感：如果患者还伴有发热、肌肉痛、颜面充血、腹泻等流感样症状，可能是患有甲型流感。患者可以在医生指导下使用磷酸奥司他韦胶囊、扎那米韦吸入粉雾剂等药物抑制病毒，改善症状。
此外，上述症状还有可能是哮喘、鼻窦炎引起。建议患者及时就医，完善血常规、甲型流感抗原检查等检查，明确病因并对症治疗。