巧克力囊肿手术通常是指进行了巧克力囊肿相关的手术，手术后通常还有可能需要进行药物治疗。
巧克力囊肿通常是指子宫内膜异位后在卵巢内生长，形成的陈旧性积血囊肿，患者常会出现痛经、恶心、呕吐、月经异常等症状。由于巧克力囊肿的复发率较高，采用手术将巧克力囊肿切除后，通常还需要在医生的指导下进行药物治疗，可以遵医嘱使用醋酸甲羟孕酮片、醋酸甲地孕酮片等药物来治疗，使体内的孕激素含量增多，抑制子宫内膜的生长，能在一定程度上防止复发。
此外，患者还应定期前往医院进行复查，观察卵巢和子宫的情况，平时还可以适当热敷腹部，能促进局部血液循环，减轻疼痛。饮食上要注意保持清淡，尽量避免吃火锅、浓茶、咖啡等辛辣刺激性的食物。
