滤泡囊肿和黄体囊肿的区别主要在于引起原因、发生时间以及治疗方法不同。
1、引起原因：滤泡囊肿通常是由于过于紧张、恐惧等原因，导致患者下丘脑的功能紊乱引发。而黄体囊肿一般是患者平时不注意休息，导致体内激素分泌紊乱而产生。
2、发生时间：滤泡囊肿一般在女性排卵前出现。而黄体囊肿通常处于黄体期。
3、治疗方法：滤泡囊肿在未破裂时一般不需要进行治疗，注意调节情绪，囊肿可逐渐被身体吸收并消失。但如果囊肿破裂，需要通过卵巢囊肿剔除术、附件切除术等方式进行治疗。而黄体囊肿可在医生的指导下服用桂枝茯苓胶囊、醋酸甲羟孕酮片等药物进行治疗。