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黄连素一般指小檗碱，其通常不会杀死肠道有益菌。具体内容如下：
小檗碱是从中药黄连中分离的一种季铵生物碱，是黄连抗菌的主要有效成分。其通常用于大肠杆菌以及志贺氏菌属，能够起到较好的抗菌效果。而肠道有益菌主要包括嗜酸乳杆菌、乳酸杆菌等，与小檗碱消灭的病菌不同，所以小檗碱通常不会杀死肠道有益菌，患者不用过于担心。
如果患者存在急性胃肠炎、细菌性痢疾等肠道感染性疾病，可以在医生的指导下使用小檗碱进行治疗，能够有效改善病情。