妊娠40天看不见孕囊有可能是正常的，但也不能完全排除异常情况。
一般来说，对于月经周期规律，即月经周期为28-30天的女性，在停经35天，通过B超检查可能在宫腔内看到孕囊。但如果月经周期较长，排卵和受孕时间相对较晚，孕囊出现的时间也会推迟，所以在妊娠40天时可能看不到孕囊。此外，还有一些异常情况也可能导致妊娠40天看不到孕囊。例如异位妊娠，受精卵在子宫腔以外的部位着床发育，此时宫腔内就看不到孕囊；或者胚胎发育不良，胚胎没有正常生长，也可能出现看不到孕囊的情况。
如果妊娠40天B超检查未发现孕囊，医生通常会建议结合血人绒毛膜促性腺激素水平及孕酮值进行综合判断，同时可能会嘱咐孕妇在1-2周后复查B超。如果在等待复查的过程中，出现阴道流血、腹痛等症状，应及时就医，以排除异位妊娠等危险情况。
