肺穿刺检查的目的主要是通过穿刺到达病变区域，获取病变的组织标本，通过病理检查来明确病变性质。一般肺部感染、肺部占位性病变、肺部结节等情况，需要做肺穿刺。
1、肺部感染：部分患者常规治疗效果不佳，不能明确其病原学的诊断，需要通过肺穿刺协助病原学检测，进行相应抗感染治疗。
2、肺部占位性病变：通常在常规气管镜等检测后仍不能明确其病理性质，可以进行肺穿刺检查，特别是周围性结节或肿块的情况，有利于明确病情。
3、肺部结节：当肺部结节性质不明确时，考虑有可能会是肺癌，或者真菌结核等特殊的病因，需要做肺穿刺进一步地明确诊断，严重时甚至可能需要做外科手术切除治疗。
另外，患者出现不明原因的肺部病变时，也需要进行肺穿刺来明确病因。
