通常情况下，如果两岁儿童的瞳孔大小不等，可以做眼底检查、眼部B超检查、脑磁共振检查等，具体分析如下：
1.眼底常规检查：两岁儿童的瞳孔大小不等可能是不当地使用滴眼液或者眼部受到了外伤引起的，此时可以做眼底检查，从而了解眼底是否存在病变以及眼底的发育情况。
2.眼部B超检查：眼部B超检查比较精确，可以对眼睛内部结构进行观察，如玻璃体、视网膜、眼球后眶内组织等，同时可以观察晶状体位置，以及对眼睛前后长度进行详细的测量，以便查找病因，便于做针对性治疗。
3.脑磁共振检查：神经传导异常可能会导致两岁儿童的瞳孔大小不等，此时需要进行脑磁共振检查，来发现脑部神经是否存在病变，便于及时明确病因。