指甲皱巴巴的、凹凸不平可能是甲癣、糖尿病、甲沟炎等疾病所致，可通过改善生活习惯、使用药物等方式来进行治疗，具体分析如下：
1.甲癣：甲癣是一种好发于手指甲板和脚趾甲板的感染性皮肤病，表面缺乏光泽，呈褐色、深褐色，甲下有角质堆积物，出现甲板部分缺损的情况，从而导致指甲皱巴巴的、凹凸不平。甲癣患者平时的饮食应以清淡为主，避免食用辛辣刺激的食物，多喝水，注意休息，还可以在医生的指导下使用酮康唑乳膏、伊曲康唑胶囊、氟康唑胶囊等药物进行治疗。
2.糖尿病：糖尿病可能会导致身体缺乏维生素B族、矿物质等营养物质，从而导致指甲营养不良，出现指甲皱巴巴的、凹凸不平的情况。糖尿病患者的饮食一定要低糖、低盐、低脂，还可以在医生的指导下使用二甲双胍片、格列齐特片、格列美脲片等药物进行治疗。
3.甲沟炎：甲沟炎是指甲沟部位产生的炎症，可出现局部化脓、感染等情况，指甲缝里得不到充分的清洁，导致细菌积聚过多，从而导致指甲皱巴巴的、凹凸不平。建议每晚泡脚，平时穿透气的鞋子，保持脚部清洁卫生，还可以在医生的指导下使用红霉素软膏、阿莫西林片、罗红霉素片等药物进行治疗。
