指甲有凹痕可能是甲癣、营养不良、银屑病等原因引起的，具体分析如下：
1.甲癣：如果患者不注意局部卫生，可能会引起甲癣，容易对指甲造成损伤，导致指甲有凹痕。建议患者在医生的指导下使用盐酸阿莫罗芬搽剂、环吡酮胺乳膏、盐酸特比萘芬乳膏等药物进行治疗。
2.营养不良：如果患者频繁性挑食或者是厌食，可能会导致营养不良，进而可能会使指甲生长异常，容易出现指甲有凹痕的症状。建议患者养成良好的饮食习惯，不挑食。
3.银屑病：如果患有银屑病，随着病情的发展，可能会累及指甲周围，容易导致指甲有凹痕。患者可以在医生的指导下使用卡泊三醇搽剂、他卡西醇软膏、他扎罗汀凝胶等药物进行治疗。
