在大多数情况下，按摩百会穴并没有明确的禁忌，按摩时应避免用力过猛，以防引发局部疼痛或另外不适。
百会穴一般位于头部前发际线的中央位置，通过按摩这一穴位，可以有效地缓解意识障碍、失眠和神经性头痛等症状，通常不会对人体健康产生太大不良影响。当施加压力时，如果手劲太强，可能会导致头晕、头胀等症状，这对身体健康是不利的。
另外，如果在按摩百会穴之后感到身体不适，应当立刻终止按摩活动。在休息期间，应避免使用电脑等强刺激设备。在日常生活中，也需要维持一个健康的作息模式，避免频繁熬夜，可以防止身体的抵抗力下降，有利于身体健康。