一般情况下，揉眼睛感觉内部疼痛是否会自愈需根据实际情况来判断，不能一概而论，具体内容如下：
因为揉眼睛时有内部疼痛的感觉，可能与眼部过度疲劳、结膜炎等原因相关，因为眼部过度疲劳可能是长期用眼造成的，属于正常的生理现象，所以在患者注意多加休息，养成健康的用眼习惯后，就可逐渐自愈，不用进行特殊治疗。但是若为结膜炎的表现，此时通常还会伴随畏光流泪、眼部异物感等症状，若患者没有有效进行眼部护理，导致病情发展严重，一般就不会自愈，建议患者平时避免用不洁净的手或者毛巾揉搓眼部，应注意眼部卫生，有必要时还可在医生指导下使用盐酸左氧氟沙星滴眼液、妥布霉素滴眼液等药物治疗。
