怀孕39天肚子隐隐的疼可能是子宫增大、先兆流产、异位妊娠、急性胃肠炎、盆腔炎性疾病后遗症等因素所致，建议患者及时前往正规医院就诊检查，在医生的指导下选择日常护理、药物治疗或手术治疗的方式进行处理。
1、子宫增大：怀孕后，子宫会逐渐增大，对周围的组织和器官产生一定的牵拉和压迫，可能会引起肚子隐隐的疼。这种疼痛通常比较轻微，一般不需要特殊处理，但患者需要注意休息，避免过度劳累。
2、先兆流产：如果孕妇体内的孕激素水平较低，或者存在胚胎发育不良等情况，可能会引起先兆流产。患者可能会出现肚子隐隐的疼、阴道流血等症状。患者可以在医生的指导下服用黄体酮胶囊、地屈孕酮片、维生素E软胶囊等药物进行保胎治疗。
3、异位妊娠：异位妊娠是指受精卵在子宫体腔以外的部位着床发育。患者可能会出现肚子隐隐的疼、阴道流血等症状，如果异位妊娠破裂，还可能会引起剧烈的腹痛、休克等症状。患者需要及时进行手术治疗，如输卵管切除术、输卵管开窗术等。
4、急性胃肠炎：如果孕妇在怀孕期间饮食不洁，可能会引起急性胃肠炎。患者可能会出现肚子隐隐的疼、恶心、呕吐、腹泻等症状。患者可以在医生的指导下服用蒙脱石散、双歧杆菌四联活菌片、口服补液盐（I）等药物进行治疗。
5、盆腔炎性疾病后遗症：如果孕妇在怀孕前患有盆腔炎性疾病，没有彻底治愈，可能会留下盆腔炎性疾病后遗症。患者可能会出现肚子隐隐的疼、腰骶部酸痛等症状。患者可以在医生的指导下服用阿莫西林胶囊、头孢克肟胶囊等药物进行治疗。
怀孕39天肚子隐隐的疼，孕妇应注意休息，避免过度劳累和剧烈运动。保持心情舒畅，避免紧张和焦虑。注意饮食卫生，避免食用不洁食物和生冷食物。如果肚子疼痛加重或伴有阴道流血等症状，应及时就医。同时，孕妇应遵医嘱定期进行产前检查，了解胎儿的发育情况。
