食物中毒引起的头痛是否会自愈，不能一概而论。有的情况下会自愈，有的情况下不会自愈。具体分析如下：
1.会自愈：如果误食了含有细菌或者少量毒素的食物，出现了轻度的食物中毒，从而引起头痛，此种情况通常是会自愈的。因为轻度的食物中毒，毒素一般会随着血液循环，由肝脏或者肾脏代谢后排出体外，可以通过多喝热水的方式促进代谢，加快脏器对毒素的排出。
2.不会自愈：如果出现了中度或者重度的食物中毒，除了头痛症状之外，还可能会出现了呕吐、意识模糊、休克等症状，此种情况通常是不会自愈的。应采取催吐或洗胃的方法，将进入胃内的含有毒素的食物尽快排出体外，减少机体对毒素的吸收，防止症状加重。此外，还可以服用去痛片、塞来昔布胶囊等药物缓解症状。