通常来说，6个月小女孩因发热呕吐3天、惊厥两次可能是小儿癫痫、植物神经紊乱、肺炎等原因导致的，建议按医嘱对症治疗，具体分析如下：
1.小儿癫痫：小儿癫痫是一种慢性脑功能障碍性疾病，发作时可能会出现两眼发直、身体抽搐、面色青紫、口吐白沫、胡言乱语等症状，所以6个月小女孩因发热呕吐3天、惊厥两次可能与小儿癫痫有关。建议家长按医嘱使用卡马西平片、丙戊酸钠片、苯巴比妥片等药物进行治疗。
2.植物神经紊乱：植物神经紊乱是一类由植物神经功能障碍引起的多系统机能紊乱，如果患有植物神经紊乱，可能会出现发热呕吐3天、惊厥两次的情况。一般来说，家长可以按医嘱给小女孩使用维生素B1片、谷维素片、朱砂安神丸等药物进行治疗。
3.肺炎：肺炎是指终末气道、肺泡和肺间质的炎症，可能会出现咳嗽、咳痰、发热、胸闷气短等症状，所以6个月小女孩因发热呕吐3天、惊厥两次可能是肺炎导致的。建议按医嘱使用阿奇霉素分散片、利巴韦林片、小儿肺炎散等药物进行治疗。