手足口吃药期间还不停出疱疹的原因包括病情处于进展期、药物未完全起效、再次感染、个体差异、护理不当。建议及时就医，根据原因遵医嘱治疗。
1、病情处于进展期：手足口病有一定的病程发展规律，即便已经开始服药治疗，但在发病初期，病毒在体内处于活跃复制、扩散阶段，身体的免疫反应还没能完全抑制病毒，所以仍会持续出现疱疹，这属于正常的疾病发展过程，随着用药时间延长以及机体自身免疫力发挥作用，疱疹的新增情况会逐渐得到控制。此时应继续遵医嘱规律服用抗病毒药物，如利巴韦林颗粒、阿昔洛韦片、更昔洛韦分散片等，同时做好皮肤、口腔等部位的护理。
2、药物未完全起效：所用药物发挥作用需要一定的时间，可能刚开始服药不久，药物还没来得及充分抑制病毒复制、调节机体免疫等，就会出现继续出疱疹的情况。要严格按照医嘱按时、按量服药，保证药物在体内达到有效的治疗浓度，不可自行随意增减药量或停药，耐心等待药物起效，一般来说抗病毒药物服用几天后会逐渐看到效果，同时可配合使用具有清热解毒作用的中成药，像蓝芩口服液、蒲地蓝消炎口服液、小儿豉翘清热颗粒等辅助治疗。
3、再次感染：患病期间孩子抵抗力较弱，如果又接触到其他肠道病毒等病原体，可能出现再次感染，导致疱疹不断出现，例如在医院就诊、与其他患病孩子接触等过程中增加了感染风险。要尽量让孩子处于相对隔离、清洁的环境，避免去人员密集场所，接触孩子前后大人要注意洗手消毒，若怀疑再次感染，需及时就医，重新判断病情，必要时调整用药方案，如添加或更换抗病毒药物等。
4、个体差异：不同孩子的身体免疫力、对病毒的反应以及药物的敏感性等存在差异，有些孩子身体抵抗力较差，免疫反应建立相对缓慢，即便服用了常规药物，也可能较难快速控制疱疹出现的情况。要注重增强孩子的抵抗力，保证充足的休息和营养摄入，饮食上多提供富含维生素、蛋白质的食物，如新鲜水果、牛奶、鸡蛋等，适当让孩子进行一些室内的轻微活动，促进身体恢复，继续规范服药治疗。
5、护理不当：如果没有做好孩子皮肤、口腔等部位的清洁护理，疱疹破溃后容易引发继发感染，加重炎症反应，使得疱疹看起来不断增多，比如不注意口腔卫生，口腔疱疹易滋生细菌。要保持孩子皮肤清洁，疱疹部位避免搔抓，防止破损，口腔可用淡盐水漱口，每天数次，手足部位可外用炉甘石洗剂，有止痒、收敛作用，促进疱疹恢复。
手足口病吃药期间不停出疱疹若持续较长时间、孩子出现高热不退、精神萎靡、呼吸急促等异常情况，应立即就医，以免延误病情，确保孩子得到更有效的治疗。