外生殖器畸形可能是以下原因导致的，具体分析如下：
1、先天性疾病：孕妇在孕期接触农药、有机溶剂、重金属等化学物质、长期暴露于各种辐射、服用某种药物、感染某种细菌、甚至是某些嗜好如桑拿、嗜好等，都会导致胎儿的先天畸形。
2、耻骨前脂肪沉积：大多数隐匿性阴茎病人均伴有肥大，尤其是耻骨前脂肪肥大，因其特殊的原因，导致其隐藏在耻骨前面的皮下脂肪中。
3、阴茎肉膜的发育不正常：形成阴茎肉膜的腹部Camper筋膜和Scarpa筋膜发育异常，导致阴茎的肉膜不能从阴茎的根部附着在阴茎的末端，从而导致阴茎的形状变得更加隐蔽。
