妇科假丝酵母菌感染的药物治疗起始于20世纪初，当时只在一些皮肤科局部应用非特殊性的染料溶液进行治疗，仅为对症，其效果也可想而知，这些药物包括甲紫 (龙胆紫)、宝石绿、天竺牡丹紫，高锰酸钾、硼酸等。目前均因其毒性而被认为应予弃用，这些药物的作用机制主要对它们可以与病原微生物细胞表面的阴离子发生反应。副作用包括难耐受的皮肤不适、皮肤变色、病人对治疗的依从性较差，尤其是甲紫(龙胆紫)有致癌作用，在医学其他领域中也摒弃。
治疗假丝酵母菌感染首先应消除诱因：若有糖尿病应给予积极治疗。及时停用广谱抗生素、雌激素及皮质类固醇激素。勤换内裤，用过的内裤、盆及毛巾均应用开水烫洗。
假丝酵母菌外阴阴道炎的治疗有局部用药、全身用药及联合用药(口服加局部)等。选择局部或全身应用抗真菌药物；根据患者的临床分类，决定疗程的长短。
单纯性VVC 的治疗：局部用药可选择下列药物放于阴道内：①咪康唑栓剂，每晚1 粒(200mg)，连用7 天；或每晚1 粒(400mg)，连用3 天；②克霉唑栓剂，每晚1 粒(150mg)，塞入阴道深部，连用7 天，或每天早、晚各1 粒(150mg)，连用3 天；或1 粒(500mg)，单次用药；③制霉菌素栓剂，每晚1 粒(10 万U)，连用10～14 天。
单纯性VVC 也可选择口服药物：氟康唑150mg，顿服。也可选用伊曲康唑每次200mg，1 次/d，连用3～5 天；或用1 天疗法，口服400mg，分2 次服用。一般用药后2～3天症状减轻或消失，有效率80%～90%。
最早用于治疗酵母菌感染的特异性活性药物是多霉菌素，它是20世纪50年代早期分离获得的一种聚烯类抗生素，此后又有许多种抗真菌药物被研制出来。阴道假丝酵母菌病的临床用药，多数为局部用药，近年高效短疗程的口服制剂问世，更使患者易于接受，且适用于经期及未婚女性。阴道假丝酵母菌病药物治疗中要求性伴侣作生殖器真菌培养及适当抗真菌治疗，应同时用药。治疗中症状消失后，须每次月经后复查并巩固治疗1个疗程。
