中药木瓜和水果木瓜在来源、植物科属、产地和生长环境、口味药性、功效用途等多个方面都存在一定区别。
首先，从来源和植物科属上看，中药木瓜属于蔷薇科木瓜属，是落叶灌木植物贴梗海棠的干燥成熟果实。而水果木瓜则属于番木瓜科番木瓜属。
其次，在口味、药性和归经方面，中药木瓜味酸、性温，归肝、脾、胃经；而水果木瓜则味甘、性平，归肝、脾经。
再者，从功效和用途来看，中药木瓜具有舒筋活络、和胃化湿、利尿通乳、美容养颜、润肺止咳、消食化积等多种功效，常用于治疗风湿痛、肢体酸重、呕吐腹泻、关节疼痛、肢体痉挛等疾病。而水果木瓜虽然也具有一定的药用价值，但其功效相对较弱，并且其食用价值更为突出，可以作为水果直接食用，营养丰富，有助于补充营养、改善肥胖等。
此外，两者在禁忌和不良反应方面也可能存在区别，因此在使用时需要根据具体情况和医生建议进行选择和使用。