一般情况下，如果肾结石自然排出后肾还酸痛，可能是结石在体内仍有残留、发生感染等原因造成的，还可能是腰椎间盘突出症导致的。具体分析如下：
通常情况下，肾结石自然排出后肾还酸痛，可能是因为体内仍然存留着一部分结石，这种情况可能会导致患者肾还酸痛。此时患者需要再次进行复查，可以通过体外冲击波碎石术进行治疗，术后要注意休息。当患者的肾结石自然排出后，如果相关部位发生感染，患者可能还会有尿频、尿急、发热等症状，因此容易出现肾还酸痛的情况，患者可以在医生的指导下服用头孢拉定片、阿莫西林胶囊等药物进行治疗。肾结石自然排出后肾还酸痛，还可能是腰椎间盘突出症导致的，主要和不良姿势、外伤等因素有关，患者可能会出现肾酸痛的情况。患者可以在医生的指导下使用尼美舒利片、布洛芬片、塞来昔布胶囊等药物进行治疗。此外，患者要避免剧烈运动，否则不利于疾病恢复。
