胚胎停止发育药流一般情况下能流干净，但根据患者的体质不同，恢复情况也不一样，也有可能不能流干净。具体分析如下：
1、能流干净：胚胎停止发育属于胚胎发育不良的现象，可能是染色体异常、免疫因素、自身因素等多方面的原因引起，胚胎停止发育药流后大多都能流干净，胚胎停止发育一般在孕初期，此时孕囊比较小，服用药物之后能够加强子宫收缩，将胚胎的组织完全排除干净，同时也不需要进行清宫手术。
2、可能不能流干净：为了停止发育药物流产也可能不能流干净，需要根据患者的体质来进行判断，如果患者体质虚弱，在恢复期间引起胚胎粘连、宫缩不良等原因，可能会导致药物不能完全流干净。宫腔内还会残留胚胎组织，需要及时采取清宫手术或人工流产等方式来进行治疗。
