一般情况下，可以通过叩诊和B超检查鉴别巨大卵巢囊肿与腹水，具体分析如下：
1.叩诊：腹水患者在平卧时腹部两侧突出，叩诊腹部中间有鼓音，两侧有浊音，为移动性浊音阳性，所以叩诊时可以让患者改变体位，浊音位置也会变化。巨大卵巢囊肿患者平卧时，腹部两侧叩诊鼓音，中间浊音，叩诊腹部时没有浊音，也不会因为出现因为体位改变后，叩诊浊音位置发生改变。
2.B超检查：腹水患者做B超检查可见不规则液性暗区，期间可有肠管影像，液体会随体位改变而流动。巨大卵巢囊肿患者的下腹部有包块且边界清楚，B超检查见圆球形液性暗区，边界整齐，光滑。