一般情况下，月经干净后三天腰疼，可能是经期综合征、宫颈炎等因素导致的，建议患者根据实际情况选择合适的方法处理。具体分析如下：
1.经期综合征：如果患者在月经期间没有做好个人保暖措施，或吃了过多辛辣、生冷的食物，可能会引起经期综合征，出现月经干净后三天腰疼的情况。建议患者可以对局部热敷或按摩来缓解症状，疼痛比较严重时也可以遵医嘱口服布洛芬片、阿司匹林片等药物进行治疗。
2.宫颈炎：月经期间宫颈口处于张开状态，如果没有做好个人清洁工作，容易导致细菌感染引起宫颈炎，出现月经干净后三天腰疼的症状。患者可以在医生的指导下口服盐酸克林霉素胶囊、头孢克肟胶囊等药物进行治疗。
此外，建议患者要注意多休息，不要过度劳累，做好局部的卫生工作，有利于症状的缓解。
