早孕有褐色分泌物出来第二天又干净了可能是正常现象、先兆流产、异位妊娠等引起的。
1.正常现象：在怀孕初期，由于体内激素缺乏，会出现少量阴道流血，怀孕几天后褐色分泌物会消失。这是正常现象，孕妇不需要特殊处理，定期观察即可。
2.先兆流产：在发生先兆流产时，毛细血管可能破裂，出现阴道少量出血，常呈褐色或暗红色。由于孕囊未排出，随后容易出现阵发性下腹痛或腰痛。建议及时去医院就诊治疗，可遵医嘱使用地屈孕酮片、黄体酮胶囊等药物治疗。
3.异位妊娠：异位妊娠是指受精卵着床在子宫腔外的一种疾病。患者在怀孕期间有时会出现褐色分泌物，怀孕初期数日后便会消失，并伴有面色苍白、小腹撕裂般疼痛等症状。患者应及时遵医嘱接受手术治疗，常见手术为腹腔镜手术。
除了以上几种，还有可能是阴道炎、宫颈炎、子宫内膜炎、附件炎等引起的，出现不适后要及时去医院对症治疗。
