两三天不洗头头顶发根就疼可能是卫生不佳、脂溢性皮炎、毛囊炎、接触性皮炎、头癣等因素所致，患者应该及时就医检查，通过日常护理、药物治疗等方式进行处理。
1、卫生不佳：卫生不佳可能会导致头皮上积累过多的油脂、灰尘和皮屑，进而可能会堵塞毛囊，引起头皮的瘙痒和疼痛，特别是在发根部位。患者应该保持良好的卫生习惯，同时可以适当缩减洗头时间，使用温和的洗发水和护发素。
2、脂溢性皮炎：脂溢性皮炎是一种常见的慢性皮肤炎症，可能会影响头皮的油脂分泌。当油脂分泌过多时，容易滋生细菌，引起头皮红肿、疼痛、瘙痒。患者可以在医生的指导下使用地奈德乳膏、复方地塞米松乳膏、水杨酸软膏等药物进行处理，可以有效改善不适症状。
3、毛囊炎：毛囊炎是毛囊的炎症，通常由细菌或真菌感染引起，炎症刺激可能会导致头皮出现红色丘疹、脓疱，伴有疼痛和瘙痒，洗头时间间隔较长可能会刺激病灶，加重不适症状。建议患者在医生的指导下使用莫匹罗星软膏、夫西地酸乳膏、红霉素软膏等药物进行消炎处理。
4、接触性皮炎：如果患者头顶经常接触花粉、粉尘、动物皮毛等过敏原，则可能会诱发过敏反应，而两三天不洗头可能会导致过敏原无法合理清除，进而可能会出现红肿、瘙痒、灼热感等症状，严重时可能出现水疱或渗液。患者可以在医生的指导下服用氯雷他定片、盐酸西替利嗪片、盐酸异丙嗪片等抗过敏药物进行处理。
5、头癣：头癣是由真菌感染引起的头皮疾病，真菌在头皮上繁殖之后，可能会导致头皮炎症和疼痛，还可能出现不规则形的脱发斑，边缘清晰，表面有鳞屑。而不洗头可能会加重真菌繁殖的情况，进而导致症状更为明显。建议患者在医生的指导下使用硝酸咪康唑乳膏、复方酮康唑软膏、盐酸萘替芬软膏等抗真菌药物进行处理。
此外，患者恢复期间应该注意合理休息，避免劳累、熬夜，以免影响恢复。
