二妙丸与四妙丸之不同，是由于其组成成分不同、功效不同、主治不同等。
二妙丸系苍术与黄柏配伍而成，四妙丸是以二妙丸方为主药，加入牛膝和薏苡仁。这两种药物都具有祛湿祛火的功效，只不过组成的药物不一样，所治疗的疾病也各不相同。
二妙丸具有清热解毒的作用，用于治疗湿热下注导致的炎症、红肿、渗出等症状，对治疗足癣、阴囊湿疹、白带异常、月经不调、腹泻、风湿性关节炎、睾丸炎等具有良好的治疗作用。四妙丸具有清热利湿、活血通痹的作用，在中医上被广泛用于风湿痹证，对足膝红肿、筋骨疼痛、丹毒、湿热痹、慢性渗出性关节炎及小儿急性肾炎等疾病有良好的疗效。
二妙丸方剂配方简便，适宜长期使用，没有不良反应，属于乙类非处方药，可在药店或超市直接购买。这四妙丹是一种大补之物，有补肾、活血的功效，不过这是一种处方药物，必须由医生开具处方后才能服用。
