桂枝茯苓丸的副作用尚未明确，但存在禁忌人群，禁忌人群服用后可能会导致身体不适。
桂枝茯苓丸可温经散寒，活血通络，其中茯苓益气养心，丹皮、桃仁、芍药活血化瘀，芍药养血和营。共同起到活血、化瘀、消癥的作用。可改善妇人宿有癥块、血瘀经闭、行经腹痛，或者是产后恶露不尽的问题。其副作用尚未明确，但是该药物有禁忌人群，需要谨慎使用。
因为其中的茯苓、丹皮、桃仁、芍药等药物成分活血作用明显，本身有阴道出血量者、月经量大者，以及孕妇慎用，可能会导致阴道出血量进一步增大，诱发贫血，甚至造成子宫收缩，引起先兆流产。
服药期间要清淡饮食，不吃辣椒、花椒、芥末等辛辣的食物。
