大部分慢性肠炎不能自愈，小部分可能会自愈，根据治疗方法不同，其恢复时间有所差异。
1、不能自愈：慢性肠炎一般是微生物感染、过敏等因素导致的，可能会引起恶心、腹痛、腹泻等不适症状，一般需要用药治疗，祛除病因后才能恢复。如果不采取治疗，通常无法祛除病因，一般不能自愈。一般建议针对病因治疗，比如细菌感染，可以遵医嘱使用头孢克肟颗粒、青霉素V钾片等抗生素治疗，过敏可以遵医嘱使用氯雷他定片、盐酸西替利嗪片等抗过敏药物治疗。在用药得当的情况下，可能2-3个月就能恢复。
2、能自愈：如果是轻微的慢性肠炎，由饮食不当所致，没有出现感染、过敏等情况，通过调整饮食，日常多吃清淡、易消化的食物，可能会自愈，一般需要半年左右才能恢复，甚至需要更长的时间。
慢性肠炎对人体的损伤较大，且多是病理性因素所致，一般建议及时就医诊治，采取合适的治疗，促使病情尽快恢复。
