HPV59阳性一般可以打九价疫苗，尽管HPV59亚型病毒不在九价疫苗的预防范围内，但仍然可以接种九价疫苗，以预防其他亚型的人乳头瘤病毒感染。
九价疫苗的主要目的是预防人乳头瘤病毒的6型、11型、16型、18型等九个亚型的感染，适合9-45岁的女性使用。目前市场销售的九价疫苗为基因工程苗，安全性较低，且价格相对昂贵。该方法在预防宫颈、阴道和外阴的部分癌前病变方面，显示出了一定的预防效果。HPV59呈阳性，这是一种高危型的人乳头瘤病毒感染，治疗时需要使用抗病毒药物，而在临床实践中，重组人干扰素是常用的治疗方法。目前在国内应用较多的是灭活疫苗和基因工程活载体疫苗。当存在病毒感染或采用其他药物治疗时，接种九价疫苗可能会削弱疫苗的效果，降低其预防作用，并对抗体生成产生不良影响。因此，对于有病毒感染者要考虑是否打过乙肝疫苗。一般的建议是首先对HPV59感染进行治疗，然后进行后续的复查，当检查结果显示为阴性时，再接种九价疫苗会更为适宜。
对于HPV59阳性的患者，在治疗过程中应避免性行为，以减少感染的风险。按照医生的建议进行药物治疗可以帮助病毒更快地被消除。如果治疗后的检查结果显示指标转为阴性，并且患者的年龄范围在9-45岁之间，可以接种九价疫苗来降低宫颈癌的发病率。但这并不意味着宫颈癌是绝对不会发生的，因此每年都需要进行常规的筛查工作。
