一般情况下，大部分肉芽肿不可以自愈，少部分肉芽肿可以自愈，如部分嗜酸性肉芽肿可自愈，但一般几率较小。如果肉芽肿长时间不自愈，可以在医生的指导下根据肉芽肿的具体类型采取相应的措施治疗。肉芽肿的类型有感染性肉芽肿、异物性肉芽肿、结节病肉芽肿等。
1、感染性肉芽肿：感染性肉芽肿是指由生物病原体，如细菌、梅毒螺旋体、真菌、寄生虫等感染引起的肉芽肿，能形成具有特殊结构的细胞结节。治疗感染性肉芽肿，可以用高渗盐水局部湿敷，有利于肉芽肿愈合。最好去医院皮肤科就诊，在医生指导下定期使用抗生素，甚至抗厌氧药物，如甲硝唑片、奥硝唑片等治疗，必要时可以进行手术切除，用器械直接清除伤口表面以上的肉芽肿。
2、异物性肉芽肿：异物性肉芽肿是指由异物，如外科缝线、粉尘、滑石粉、木刺等引起的肉芽肿，能形成结节状病灶。异物性肉芽肿主要是通过皮外手术的方式来进行治疗，在皮肤科专业医生的操作下，将皮下内的肉芽肿组织进行切除，然后联合抗生素的药物，如阿莫西林片、头孢拉定片等来进行治疗。
3、结节病肉芽肿：结节病肉芽肿是指结节病时发生的非坏死性上皮样细胞肉芽肿，主要由上皮样细胞、多核巨细胞和淋巴细胞构成，无干酪样坏死。结节病肉芽肿一般考虑手术切除的方式来治疗，术后把摘除物送病理活检，同时遵医嘱给予抗炎对症治疗。
术后恢复期间，患者注意保持局部卫生，饮食清淡。
