肛瘘通常不会自愈。
肛瘘是肛管或直肠与会阴皮肤相通的慢性、感染性通道，为肛门直肠周围脓肿破溃或切口引流的后遗病变，比如肛门腺体脓肿后引流不完全愈合就可能出现该情况，此时一般不会自愈。
如果属于感染持续性通道，没有通过有效治疗，瘘管的存在允许细菌持续进入，阻碍愈合，造成感染反复发作。并且瘘管位置可能导致周围组织血供血差，不利愈合。
因此如果不及时治疗，肛瘘可能会持续存在并恶化，出现脓肿、肛裂等并发症。一般建议患者积极配合医生采取肛瘘切开术进行手术治疗，以免延误病情，导致身体健康受到更为严重的损害。
术后做好相应护理，对于促进愈合、预防感染和避免并发症较为重要。因此建议患者注意保持手术部位清洁，避免使用指甲抓挠手术部位，以防感染。手术初期尽量选择流质或半流质、低渣的饮食，再逐渐过渡到易消化、富含纤维的食物，以保持大便通畅，避免便秘或腹泻。
