巧克力囊肿手术对卵巢的伤害通常是比较大的，如果是进行的子宫及附件全切手术，那么卵巢也会被切除；如果是进行的巧克力囊肿穿刺引流手术或者是巧克力囊肿病灶剥离术，那么可能会引起卵巢周围组织粘连，以至于卵巢不能正常排卵。
巧克力囊肿病灶剥离后窦卵泡数较剥除前确有减少，但巧囊患者本身窦卵泡数少于正常女性，所以用窦卵泡数来检测卵巢储备功能并没有AMH检测准确直接。但卵囊剥除术后AMH会降低，也影响了卵巢储备功能。另外，术后的电凝、缝合措施以及缝合密度对卵巢储备能力也有影响。其中卵巢的血供直接影响卵巢储备功能，所以在术后缝合时应该格外注意疏密和方法。
不论哪种手术方式，巧克力囊肿手术以后都应当卧床休息，避免过早的下床活动，避免劳累，术后一个月内禁止发生性行为。同时，手术之后巧克力囊肿仍然有复发的可能，因此要定期复查，以防复发。
