一般情况下，发根毛囊炎没有用什么药物最有效的说法，该疾病可能是细菌感染、真菌感染引起的，患者在医生的指导下使用莫匹罗星软膏、红霉素软膏、复方酮康唑发用洗剂等药物比较有效。
1、莫匹罗星软膏：该药物是局部外用抗生素，可以抑制细菌的增殖活性，起到抗菌的作用，对于细菌感染引起的毛囊炎，具有较好的治疗作用。
2、红霉素软膏：该药物属于大环内酯类抗生素，对多数革兰阳性菌、厌氧菌等具有良好抗菌作用，能有效改善毛囊炎引起的不适症状。
3、复方酮康唑发用洗剂：该药物中的酮康唑具有抑菌和杀菌活性的作用，属于抗真菌药，能有效治疗真菌感染引起的毛囊炎。
除此之外，患者还可以遵医嘱使用夫西地酸钠软膏、氧氟沙星凝胶、盐酸特比萘芬凝胶等药物进行治疗，可以起到较好的治疗效果。
