三岁宝宝夜里磨牙可能是缺钙、小儿积食、蛔虫病等原因导致的，不同原因可采取不同的治疗方式。
1.缺钙：缺钙指的是人体内钙缺乏的状态，宝宝因为生长发育的需要一般对钙元素的需求量较大，宝宝缺钙后由于神经系统在睡着后仍处于兴奋状态，可能会出现磨牙、夜啼惊跳、夜间多汗等情况。家长可以在医生指导下给宝宝服用醋酸钙颗粒、乳酸钙颗粒、牡蛎碳酸钙颗粒等药物进行治疗。
2.小儿积食：小儿积食是指小儿饮食不当，影响到消化功能使食物停滞胃肠所形成的一种疾病。宝宝由于胃肠道有较多的食物，由于胃肠道夜间还在进行消化以及吸收，神经反射后，可能会引起面部的咀嚼肌自发性收缩，进而导致磨牙。家长可以按照医嘱给宝宝服用小儿消食颗粒、小儿肠胃康颗粒、小儿化食口服液等药物进行治疗。
3.蛔虫病：蛔虫病是由似蚯蚓蛔线虫寄生在人体小肠或其他器官所引起的慢性传染病，宝宝通常会表现为食欲减退、腹痛等，还可能会出现烦躁易惊、磨牙等症状。家长可以按照医嘱给宝宝使用磷酸哌嗪宝塔糖、枸橼酸哌嗪糖浆、阿苯达唑颗粒等药物进行治疗。
小儿佝偻病也可能会导致宝宝出现此种情况，家长需要到医院明确病情后，再对症治疗。
